واستمر هكذا إلى أن جاء الفتح الإسلامي لمصر عام 639م وتحول العلم للون الأسود الذي انتشر في جميع الأقاليم الإسلامية التي فتحت في عهد الخلفاء الراشدين، ثم تغير للون الأبيض في العصر الأموي، ثم عاد مرة أخرى للون الأسود في العصر العباسي، وفي العصر الفاطمي تغير للون الأخضر، ثم تغير للون الأصفر في العصرين الأيوبي والمملوكي، وظل هكذا حتى عام 1517م عندما خضعت مصر للخلافة العثمانية ورفع فيها علم الدولة العثمانية الذي تميز باللون الأحمر ويتوسطه هلال ونجمة ذات سبع رؤوس وكلاهما باللون الأبيض، فكان الهلال يرمز للدولة الإسلامية والنجمة السباعية ترمز للممالك السبعة الساطعة في الخلافة العثمانية.

وفي عصر محمد علي باشا استمر هذا العلم ولكن مع تغيير طفيف حيث أصبحت النجمة ذات خمس رؤوس وذلك لتميز بين سفن الاسطول المصري والاسطول التركي أثناء حصار الاساطيل الأوروبية المساندة للعثمانيين ضد محمد علي للموانئ المصرية، كما جعل محمد علي لفرق الجيش أعلام خاصه بهم، فكانت من الحرير الأبيض المطرز بآيات من القرآن الكريم وأرقام الآيات بالقصب.

وقد تم رفع علم الخديوي إسماعيل في ثورة 1919 وخرجت الجماهير تحت رايته، ولٌفت به نعوش الشهداء الذين سقطوا برصاص الانجليز، وقد أفرزت الثورة علم أخر غير رسمي وكان عباره عن هلال يعانق الصليب وهو رمز لثورة 1919 التي كان شعارها " الدين لله والوطن للجميع".

وبعدما تحولت مصر إلى مملكة حره مستقلة بعد تصريح 28 فبراير 1922، تغير العلم رسمياً في 1923 وتحول للون الأخضر ذو الهلال الأبيض والنجوم الثلاثة، حيث يرمز اللون الأخضر إلى خضرة الوادي والدلتا، وللإسلام الذي تدين به الأغلبية في مصر، بينما ترمز النجوم الثلاثة إلى أجزاء المملكة المصرية وهي مصر والنوبة والسودان، واستمر هذا العلم حتى عام 1958م.

وبجانب هذا العلم ظهر علم أخر وهو علم التحرير أو علم الضباط الأحرار الذي كان رمز لثورة 23 يوليو، و يتكون من ثلاثة ألوان "أحمر، أبيض، أسود" ويتوسطه النسر "شعار الجمهورية"، ويتميز النسر بأنه عريض الشكل وله درع أخضر يحوى هلال أبيض اللون وثلاثة نجوم، فكان اللون الأحمر يرمز إلى الثورة، والأبيض إلى العهد الجديد أو السلام والتحرير والرخاء، والأسود إلى العهد البائد والاستعمار وأعداء الثورة.